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Ce qui se passe concrètement

Quand un fonctionnaire tombe malade, il transmet son arrêt de travail à son administration sous 48 heures. C'est elle — et non la CPAM — qui continue de le rémunérer. Trois régimes se succèdent selon la gravité et la durée de la maladie :

  • Le congé de maladie ordinaire (CMO) : le régime de base, pour les maladies courantes. Durée maximale d'un an sur une période de douze mois consécutifs.
  • Le congé de longue maladie (CLM) : pour une maladie grave, invalidante, nécessitant un traitement prolongé et rendant impossible l'exercice des fonctions. Durée maximale de trois ans.
  • Le congé de longue durée (CLD) : réservé à cinq groupes d'affections particulièrement lourdes. Durée maximale de cinq ans (par maladie, sur l'ensemble de la carrière).

Les contractuels ne relèvent pas de ces congés : leur régime combine indemnités journalières de la CPAM et complément de l'employeur public — voir la page contractuels.

Le congé de maladie ordinaire : 3 mois à 90 %, puis demi-traitement

Depuis le 1er mars 2025 (décrets n° 2025-197 et 2025-198 du 27 février 2025), les trois premiers mois du CMO sont rémunérés à 90 % du traitement indiciaire (et non plus 100 %). Les neuf mois suivants sont à demi-traitement (50 %). Un jour de carence s'applique au premier jour de chaque arrêt (sauf notamment en cas d'affection de longue durée, une fois par période de trois ans, de congé pour raison de grossesse, ou lorsque l'arrêt est imputable au service).

Le décompte se fait sur douze mois glissants : à tout moment, l'administration regarde les douze derniers mois pour savoir combien de jours à 90 % il vous reste. Après trois mois cumulés d'arrêts sur cette période, vous basculez à demi-traitement même pour un nouvel arrêt court.

Au bout de six mois consécutifs de CMO, la prolongation passe par l'examen d'un médecin agréé ; le conseil médical n'est saisi qu'en cas de contestation de ses conclusions (réforme des instances médicales de 2022). À l'épuisement des douze mois, si vous ne pouvez pas reprendre : CLM, CLD, temps partiel thérapeutique, reclassement ou disponibilité d'office.

Le congé de longue maladie : 3 ans

Qui y a droit et pour quelles maladies

Le CLM est ouvert au fonctionnaire (titulaire ou stagiaire) atteint d'une maladie qui rend impossible l'exercice de ses fonctions, présente un caractère invalidant et de gravité confirmée, et nécessite un traitement et des soins prolongés. Un arrêté fixe une liste indicative d'affections (hémopathies, affections cancéreuses, maladies cardiaques et vasculaires, affections psychiatriques sévères, maladies neurologiques, etc.) — mais cette liste n'est pas limitative : une maladie hors liste peut ouvrir droit au CLM sur avis du conseil médical. Les troubles psychiques liés au travail (dépression d'épuisement, burn-out) passent souvent par cette voie.

Durée et rémunération

  • 1 an à plein traitement (100 % du traitement indiciaire — la réduction à 90 % ne concerne que le CMO) ;
  • 2 ans à demi-traitement (50 % — porté à 60 % du traitement indiciaire dans la fonction publique de l'État depuis le 1er septembre 2024, décret n° 2024-641 du 27 juin 2024).

Le congé est accordé ou renouvelé par périodes de trois à six mois maximum. L'indemnité de résidence et le supplément familial de traitement sont maintenus intégralement ; le sort des primes dépend des textes indemnitaires de chaque versant.

La procédure

  1. Vous adressez à votre administration une demande de CLM accompagnée d'un certificat de votre médecin traitant (le certificat peut rester non détaillé ; les éléments médicaux vont sous pli confidentiel au conseil médical).
  2. L'administration saisit le conseil médical (formation restreinte), qui peut faire procéder à une expertise par un médecin agréé.
  3. Après avis, l'administration prend un arrêté vous plaçant en CLM, en principe à compter de la date de la demande (le CMO déjà consommé pour la même maladie peut être requalifié).

Préparez votre passage devant le conseil médical avec la page dédiée : le conseil médical.

Le congé de longue durée : 5 ans

Le CLD est réservé à cinq groupes d'affections : tuberculose, maladie mentale, affection cancéreuse, poliomyélite, déficit immunitaire grave et acquis. Il n'est accordé qu'après épuisement de la première année de CLM à plein traitement (le CLM se transforme alors en CLD, sauf si vous demandez à rester en CLM pour préserver de futurs droits).

  • 3 ans à plein traitement ;
  • 2 ans à demi-traitement.

Contrairement au CLM (dont les droits se reconstituent après un an de reprise), le CLD est accordé une seule fois par affection pour toute la carrière. Si la maladie est imputable au service, les durées sont portées à cinq ans à plein traitement et trois ans à demi-traitement — mais dans ce cas, vérifiez d'abord si un CITIS (plein traitement sans limite pour les titulaires) n'est pas plus favorable.

Le demi-traitement : comment vivre avec, comment le compléter

À demi-traitement, un agent perçoit 50 % de son traitement indiciaire brut — 60 % pour les deuxième et troisième années de CLM dans la fonction publique de l'État — (le montant ne peut être inférieur au montant des indemnités journalières qu'aurait perçues un assuré du régime général — point à faire vérifier dans votre situation). Pour compléter :

  • La prévoyance : mutuelles de la fonction publique (souvent via un contrat labellisé ou la protection sociale complémentaire de l'employeur) versant un complément qui porte le revenu à 90-95 % du net. Dans la territoriale et l'État, la participation de l'employeur à la prévoyance monte en charge depuis 2025 — vérifiez votre contrat avant d'en avoir besoin : beaucoup d'agents découvrent trop tard qu'ils n'ont pas adhéré au volet prévoyance.
  • Le supplément familial et l'indemnité de résidence restent versés en totalité.

La fin des droits

À l'épuisement du CLM ou du CLD, le conseil médical se prononce sur votre aptitude :

Tant que l'administration n'a pas statué sur votre situation à l'expiration des droits, le demi-traitement doit continuer d'être versé — et il vous reste acquis.

Ce que dit la loi. Les congés pour raison de santé des fonctionnaires sont régis par le Code général de la fonction publique : congé de maladie ordinaire (art. L. 822-1 à L. 822-5), congé de longue maladie (art. L. 822-6 à L. 822-11), congé de longue durée (art. L. 822-12 à L. 822-17). La rémunération du CMO à 90 % les trois premiers mois résulte des décrets n° 2025-197 et 2025-198 du 27 février 2025, applicables depuis le 1er mars 2025. Le jour de carence est prévu par l'article 115 de la loi n° 2017-1837 du 30 décembre 2017.

Le CLM est-il accordé automatiquement pour un cancer ?

Non, rien n'est automatique : il faut une demande et un avis du conseil médical. Mais les affections cancéreuses figurent sur la liste indicative des maladies ouvrant droit au CLM, et ouvrent aussi droit au CLD (5 ans) après la première année. En pratique, la reconnaissance est rarement refusée pour ces pathologies ; c'est le point de départ du congé qui se discute.

Puis-je reprendre le travail pendant un CLM ?

Pas librement : la reprise après un CLM de plus d'un an (ou l'épuisement des droits) suppose un avis favorable. Une reprise progressive est possible via le temps partiel thérapeutique. Travailler — même une activité accessoire — pendant un congé maladie sans autorisation vous expose à l'interruption du traitement et à des sanctions.

Mon administration peut-elle me placer d'office en CLM ?

Oui. Si elle estime, au vu d'une attestation médicale ou d'un rapport des services, que votre état relève d'un CLM (situation fréquente pour les affections psychiques), elle peut engager la procédure d'office après avis du conseil médical. Vous êtes informé et pouvez faire entendre votre médecin.

Que deviennent mes congés annuels non pris ?

Les congés annuels non pris pour cause de maladie ne sont pas perdus : la jurisprudence européenne impose leur report (dans une limite de quatre semaines par an, sur une période de report limitée). Réclamez-les par écrit à la reprise.

Pour aller plus loin

Qui peut vous accompagner dans cette situation

Aucune de ces démarches ne se fait seul. Selon ce que vous cherchez — un avis médical, une aide sociale, un appui dans l'entreprise ou un conseil juridique — voici à qui vous adresser.

  • Le médecin du travail — à votre demande, à tout moment, sans que l'employeur en connaisse le motif. Il est le seul à pouvoir proposer des aménagements ou constater une inaptitude. Trouver votre service.
  • Votre médecin traitant — il prescrit l'arrêt, le temps partiel thérapeutique et peut demander la visite de pré-reprise.
  • L'assistante sociale — celle de la CARSAT, de votre service de santé au travail ou de l'entreprise : ressources pendant l'arrêt, dossiers CPAM, invalidité, maintien en emploi.
  • Cap emploi et la cellule de prévention de la désinsertion professionnelle — pour garder ou retrouver un emploi compatible avec votre santé (RQTH, aménagements, reconversion).
  • Les représentants du personnel (CSE) et les syndicats — un appui dans l'entreprise, et un défenseur syndical peut vous assister gratuitement devant le conseil de prud'hommes.
  • L'inspection du travail — pour signaler un manquement de l'employeur (visite non organisée, restrictions ignorées, danger).
  • Un avocat en droit du travail — pour contester un avis, un licenciement ou un solde de tout compte. Une première consultation gratuite existe dans les maisons de justice et du droit et dans de nombreux barreaux ; l'aide juridictionnelle peut prendre en charge les honoraires.