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Ce qui se passe concrètement
Contrairement au fonctionnaire titulaire, le contractuel de la fonction publique est affilié au régime général : en cas d'arrêt maladie, il perçoit les indemnités journalières de la CPAM (50 % du salaire de base, carence de 3 jours), et son employeur public complète jusqu'aux niveaux garantis par son statut — les IJ étant déduites du traitement maintenu. En pratique : envoyez l'arrêt sous 48 heures à la fois à la CPAM et à votre employeur.
Le niveau du complément dépend de l'ancienneté de services :
- moins de 4 mois de services : pas de complément (congé sans traitement, IJ CPAM seules) ;
- au-delà, des durées de maintien croissantes avec l'ancienneté — de l'ordre de 1 mois à 90 % + 1 mois à demi-traitement après 4 mois, 2 + 2 mois après 2 ans, 3 + 3 mois après 3 ans de services (montants passés de 100 % à 90 % pour la première période depuis mars 2025 ; barèmes précis selon versant : à vérifier dans votre décret).
Comme pour les titulaires, un jour de carence s'applique côté employeur.
Le congé de grave maladie : l'équivalent contractuel du CLM
Le contractuel employé de manière continue depuis au moins 3 ans et atteint d'une affection grave, invalidante et nécessitant un traitement prolongé (mêmes critères que le CLM des titulaires) peut obtenir un congé de grave maladie :
- durée maximale 3 ans ;
- 1 an à plein traitement, puis 2 ans à demi-traitement (IJ de la CPAM déduites) ;
- accordé par périodes de 3 à 6 mois, après avis du conseil médical.
Il n'existe pas de congé de longue durée pour les contractuels. À l'épuisement du congé de grave maladie, si la reprise est impossible : congé sans traitement (avec, le cas échéant, pension d'invalidité du régime général — le contractuel y a droit, contrairement au titulaire), puis reclassement ou licenciement.
Accident du travail et maladie professionnelle
Le contractuel relève, pour la reconnaissance, de la CPAM comme un salarié (déclaration en 48 h par l'employeur, présomption d'imputabilité, taux d'IPP et rente) — pas du CITIS, réservé aux fonctionnaires. Son employeur public verse en revanche un complément de traitement pendant l'arrêt, selon l'ancienneté (plein traitement pendant une durée croissante : 1 mois dès l'entrée en fonctions, 2 mois après 2 ans, 3 mois après 3 ans — puis IJ AT/MP seules ; barème à vérifier selon versant).
L'inaptitude : reclassement, puis licenciement possible
C'est la grande différence de sortie : le contractuel définitivement inapte peut être licencié pour inaptitude physique, là où le titulaire part en retraite pour invalidité. Mais pas sans étapes :
- constat de l'inaptitude définitive (avis médical ; conseil médical selon les cas) ;
- obligation de reclassement préalable : l'employeur doit chercher un emploi compatible, de niveau équivalent, dans ses services — le licenciement sans recherche sérieuse de reclassement est illégal ;
- licenciement avec indemnité de licenciement, préavis selon l'ancienneté, et allocations chômage : les agents publics ont droit à l'assurance chômage, versée le plus souvent par l'employeur public lui-même en auto-assurance.
Le licenciement se conteste devant le tribunal administratif (deux mois), pas aux prud'hommes.
Récapitulatif : contractuel vs titulaire
| Situation | Contractuel | Titulaire |
|---|---|---|
| Arrêt maladie | IJ CPAM + complément selon ancienneté | CMO payé par l'employeur |
| Maladie grave | Congé de grave maladie (3 ans) | CLM (3 ans) / CLD (5 ans) |
| Accident du travail | Reconnaissance CPAM + complément | CITIS (plein traitement) |
| Invalidité | Pension d'invalidité CPAM | Retraite pour invalidité + ATI/rente |
| Inaptitude définitive | Reclassement puis licenciement | Reclassement, PPR, retraite pour invalidité |
| Chômage | Oui (souvent auto-assurance) | Non concerné (pas de licenciement) |
Ce que dit la loi. Les droits à congés de maladie des contractuels sont fixés par les décrets propres à chaque versant : décret n° 86-83 du 17 janvier 1986 (État), n° 88-145 du 15 février 1988 (territoriale), n° 91-155 du 6 février 1991 (hospitalière) — congés de maladie rémunérés selon l'ancienneté, congé de grave maladie de 3 ans après 3 ans de services, congé pour accident du travail, obligation de reclassement avant licenciement pour inaptitude physique (consacrée aussi par la jurisprudence administrative). Les IJ du régime général relèvent du Code de la sécurité sociale (L. 321-1, R. 323-1). La réduction à 90 % de la première période résulte des textes de février 2025 applicables au 1er mars 2025.
Mon CDD se termine pendant mon arrêt maladie : que se passe-t-il ?
Le contrat prend fin à son terme, arrêt ou pas — l'arrêt ne prolonge pas le CDD. Les IJ de la CPAM continuent après la fin du contrat ; l'employeur public cesse son complément. Inscrivez-vous à France Travail dès la fin du contrat pour préserver vos droits.
Ai-je droit au temps partiel thérapeutique ?
Oui, via le dispositif du régime général (comme les salariés), avec l'accord de votre employeur et l'avis du médecin — le mécanisme des titulaires (TPT à traitement intégral) ne s'applique pas tel quel. Votre rémunération combine salaire au prorata et IJ.
Titularisé en cours de maladie, je change de régime ?
Oui : la titularisation fait basculer vers le régime des fonctionnaires (CMO/CLM/CLD, fin des IJ CPAM pour la maladie). Les périodes déjà indemnisées peuvent compter dans le calcul des droits — situation technique, à faire vérifier.
Mon employeur ne verse pas le complément : que faire ?
Réclamation écrite chiffrée, puis recours au tribunal administratif. Vérifiez d'abord votre ancienneté de services (les services antérieurs chez le même employeur comptent sous conditions) et que la CPAM a bien liquidé les IJ — le complément se calcule après déduction des IJ.
Pour aller plus loin
- Le hub fonction publique
- CLM et CLD des titulaires, pour comparer
- Arrêt maladie du salarié du privé : le régime CPAM
- Chômage après inaptitude (privé) : la logique comparable
Qui peut vous accompagner dans cette situation
Aucune de ces démarches ne se fait seul. Selon ce que vous cherchez — un avis médical, une aide sociale, un appui dans l'entreprise ou un conseil juridique — voici à qui vous adresser.
- Le médecin du travail — à votre demande, à tout moment, sans que l'employeur en connaisse le motif. Il est le seul à pouvoir proposer des aménagements ou constater une inaptitude. Trouver votre service.
- Votre médecin traitant — il prescrit l'arrêt, le temps partiel thérapeutique et peut demander la visite de pré-reprise.
- L'assistante sociale — celle de la CARSAT, de votre service de santé au travail ou de l'entreprise : ressources pendant l'arrêt, dossiers CPAM, invalidité, maintien en emploi.
- Cap emploi et la cellule de prévention de la désinsertion professionnelle — pour garder ou retrouver un emploi compatible avec votre santé (RQTH, aménagements, reconversion).
- Les représentants du personnel (CSE) et les syndicats — un appui dans l'entreprise, et un défenseur syndical peut vous assister gratuitement devant le conseil de prud'hommes.
- L'inspection du travail — pour signaler un manquement de l'employeur (visite non organisée, restrictions ignorées, danger).
- Un avocat en droit du travail — pour contester un avis, un licenciement ou un solde de tout compte. Une première consultation gratuite existe dans les maisons de justice et du droit et dans de nombreux barreaux ; l'aide juridictionnelle peut prendre en charge les honoraires.